Ok, więc dwie sprawy:
1) Znalazłem bug'a. Co prawda nie jestem pewien czy tu jest miejsce na zgłąszanie bugów - tym bardziej, że crash-report has been sent. No ale do rzeczy:
WTW działa, plugin działa, otrzymuję na skrzynkę pocztową nowego mejla, plugin również dostaje informację o tym fakcie i wyświetla popup o zdarzeniu. W tym momencie Ja wchodzę do ustawień WTW i wyłączam plugin, zamykam ustawienia, ale wciąż popup o nowym mejlu widnieje na ekranie i w tym momencie pojawia się okno z formularzem od crash-reportu, a WTW zostaje zamknięte.
A więc wygląda na to, że wtyczka przy wyłączaniu nie "pozamiatała" po sobie. Ale czy to wtyczka czy WTW powinno zamiatać? Tego nie wiem, nie widziałem kodu.
2) Wustawieniach wtyczki przydała by się opcja typu "when new mail has arrived gain focus on WTW window (or Desktop)". Czyli w przypadku otrzymania nowego mejla i wyświetlenia popup'u rzucaj na pierwszy plan okno WTW (lub Pulpitu) lub tego nie rób. Obecnie zawsze focus jest ustawiany na WTW/Desktop, a np. aplikacja pełnoekranowa jest minimalizowana. I to jest problem w niektórych wypadkach, a nie da się tego wyłączyć.