Właśnie sobie przypomniałem, że w Konnekcie była taka opcja "Kompaktuj" w historii. Co sugeruje, że plik może zawierać rozmowy oznaczone jako usunięte, co ta opcja "czyści", układając w nim od nowa tylko te nie usunięte.
Zaraz spróbuję, co się dzieje w takim pliku historii, jak się próbuje usuwać rozmowy - może to ma jakiś związek.
Proponuję też spróbować opcji "kompaktuj" na tym feralnym pliku - a nuż pomoże...
EDIT: Zgadza się! Sprawdziłem właśnie i usunięte rekordy są wyzerowane oraz oznaczone wartością "-1" na samym początku. Zaraz przygotuję nową wersję wtyczki, która będzie je ignorować.
EDIT2: Nowa wersja wrzucona na serwer. Pod tym samym adresem, co wcześniej.