Afaik to nie jest błąd komunikatora, a raczej tego, jak system ustawia kolejność aplikacji na pulpicie. Jak byłem na XPeku, to często przy konnekcie, pidginie czy foobarze tooltipy właśnie chowały mi się za pasek zadań (w win7 jeszcze tego nie widziałem), ale mi to wygląda, jakby to tray właśnie dostawał priorytet w stosie widocznych aplikacji, coś jakby 'always on top'. Z tym, że to tylko moje przypuszczenia i mogę się mylić ;)