A bo Wy się wszyscy nie rozumiecie, jak zwykle. :D
Kontakty, które znikają z listy po ponownym uruchomieniu to kontakty, których nie mamy na stałej liście a napisały do nas jakąś wiadomość. Są umieszczane nawet w specjalnej grupie "spoza listy", to tak dla wygody aby można było wygodniej w razie potrzeby dorzucić je do listy. Jak ich nie dorzucisz do listy, sobie idą.
A poza tym, Lynn - Ty nie masz listy kontaktów lokalnie w XMPP, komunikator jest zobowiązany pokazywać taki stan listy jaki istnieje na serwerze - no i to robi. Jeśli serwer uzna, że doda Ci do listy kontakt, któremu dałaś autoryzację, to komunikator siłą rzeczy Ci go wyświetli. Jeśli serwer uzna, że chce Ci dodać kontakt "z powietrza" to tylko wysyła do klienta info o dodaniu i tyle.