1. To dziwne. U mnie zmiany tych ustawień zapisują się bez problemów. Jaki masz system? Może to UAC coś miesza, jeśli katalog Twego profilu leży w lokalizacji przeń "chronionej"? Spróbuj odpalać WTW jako Admin, gdy dokonujesz zmian, choć w takim bądź razie problem zapisu ustawień występowałby także przy innych wtyczkach. :| Na Twoim miejscu zgłosiłbym to zjawisko w wątku dotyczącym wtyczki Sounds.
2. Pewnie, że można. Wystarczy, że, w swoim katalogu UserTheme, ikonki gg, z SetGG, przekopiujesz do folderu setWTW, nie powinno być problemów, a odkąd, niedawno, z nazw plików wyleciały nazwy protokołów, to nazw tych nawet zmieniać nie musisz.
3. Niestety nie. Niegdyś opisy wszystkich aktywnych protokołów były tam widoczne, dopóki Kaw nie spłodził nowych tooltipów, wtedy możliwość takiego podglądania opisów wyleciała. Pamiętam, że Kaw był niezwykle ze swego dzieła zadowolony, soł na jakiś rollback nie ma co liczyć. Sam na początku marudziłem, że to nie teges jest, ale się przyzwyczaiłem. :-)