Z tego co zauważyłem to WTW na chwilę obecną informuje o nowej wiadomości jedynie miganiem okna wiadomości + miganiem na taskbarze, co czasem trudno zauważyć.
Może warto pomyśleć o wykorzystaniu mechanizmu informowania o zmianach statusów do informowania o nowych wiadomościach?
Druga metoda - ikona w miejscu naszego statusu w trayu + ikona na liście kontaktów w miejscu statusu kontaktu od którego mamy nieodebraną wiadomość.