Faktycznie, umieszczanie na siłę pewnych funkcji bez żadnego funkcjonalnego zysku to taka mała głupotka, ale wydaje mi się, że moje propozycje mają sens. Z drugiej strony, liczba użytkowników WLM modyfikujących skrót programu tak, aby ikonka w trayu się jednak pokazała, zdaje się mówić co innego ;)
ad 1 - nie bardzo rozumiem w czym problem, no chyba, że kliknięcie "Dostępny" przy wyłączonej aplikacji by jej nie włączyło, wtedy faktycznie trochę byłoby to mylące. Jeśli jednak tak by się dało, to... czemu nie? Wyłączona aplikacja mogłaby mieć dodatkowo "overlayowaną" ikonkę statusu typu "niedostępny" lub inną, dosadniej mówiącą, że program nie jest uruchomiony... tak sobie głośno myślę ;)
ad 2 - możliwość wyłączenia ikonki w trayu przydałaby się w przypadku realizacji punktu pierwszego. Wtedy można by było korzystać z programu w Windows 7 bez zaglądania do traya. Po prostu program przypięty jest na pasku w tym lub innym miejscu i niech już wszystko odbywałoby się tam. Taka jest w sumie wizja Microsoftu dotycząca nowego paska zadań - przypięty program ma być zawsze tam, gdzie został przypięty i nie uciekać do traya. Obszar powiadomień (już nie nazywany tray/zasobnik) ma służyć tylko do powiadomień.
ad 3 - miniaturki zakładek miałyby na górze napisaną nazwę użytkowników w otwartych kartach ;)
Apropopo punktu pierwszego, może jeszcze inne wyjście - przyciski zmiany statusu w miniaturce programu. Takie coś popularne jest w odtwarzaczach (WMP, Foobar z nowszym Columns UI), gdzie mamy tam przyciski play, stop itd.